ETE Toolkit

一句话定位

一个用于分析和可视化系统发育树的Python框架，支持树结构操作、程序化可视化和系统发育分析。

核心价值

• 提供完整的Python API用于加载、创建、遍历、搜索、修剪和修改层次树结构
• 支持程序化树可视化，可生成SVG、PNG或PDF格式图像
• 集成系统发育分析工具，支持进化假设测试和树拓扑比较

功能亮点

• 树结构操作：将树作为Python对象进行各种操作
• 程序化可视化：完全控制树图像，支持交互式浏览和多种格式输出
• 树注释功能：自定义节点属性渲染为图形元素
• Jupyter支持：在Jupyter笔记本中原型化方法并内联可视化
• 系统发育工具：基因树和物种树重建、进化假设测试、树拓扑比较

适用人群

• 生物信息学研究人员
• 进化生物学研究者
• 系统发育学专家
• 生物数据科学家
• Python开发者

使用场景

• 重建基因和物种树的系统发育关系
• 测试进化假设和进行系统发育分析
• 可视化和注释系统发育树
• 比较不同树拓扑结构
• 在Jupyter环境中进行原型开发

综合说明

ETE Toolkit是一个专门用于系统发育树分析和可视化的Python框架，为生物信息学和进化生物学研究提供完整的工具链。它支持从树结构操作到高级系统发育分析的全流程工作，是研究基因进化、物种关系和系统发育学的专业工具。